Meskipun kaya akan biodiversitas, TNKS menghadapi ancaman serius seperti deforestasi, perburuan liar, dan konflik antara manusia dan satwa. Populasi harimau Sumatera, yang merupakan salah satu penghuni utama TNKS, terus tertekan akibat hilangnya habitat dan perburuan. Untuk mengatasi tantangan ini, berbagai inisiatif konservasi telah diterapkan, seperti patroli hutan untuk mencegah aktivitas ilegal dan program pemberdayaan masyarakat lokal melalui kegiatan ekonomi berkelanjutan seperti ekowisata dan pertanian ramah lingkungan. Kolaborasi dengan organisasi internasional juga membantu memperkuat perlindungan satwa dan ekosistem. Namun, keberlanjutan kawasan ini bergantung pada keseimbangan antara konservasi dan kebutuhan masyarakat sekitar, serta penguatan kebijakan berbasis ilmiah.